塑料周转箱用于过滤、养殖、食品储存等特殊用途时，必须对外壳进行消毒杀菌处理。实际消毒方法可选择高温消毒、消毒液擦洗或臭氧消毒。

高温消毒法：高温蒸煮的应用可以解决塑料周转箱表面的大部分常见细菌，在一定程度上达到消毒的目的。采用这种消毒方式，消毒温度要根据塑料周转箱的耐热等级来调整。

擦洗消毒液：先用84消毒液、高锰酸钾等消毒液擦洗塑料周转箱表面，消毒后用冷水清洗。注意使用的消毒剂不会对塑料周转箱造成化学变化，应用剂量要控制好。

臭痒消毒：将塑料周转箱置于臭氧环境中进行杀菌消毒。由于臭氧是一种氧化剂，高浓度的臭氧可能会加速塑料周转箱的老化速度，所以在二氧化碳浓度适度降低到一定程度后，对塑料周转箱的影响可以变得微乎其微。